Они вели уединенный аскетический образ жизни, практиковали сюгэндо – путь обретения сверхъестественных сил. Чтобы достичь совершенства, отшельники проводили тренировки на грани человеческих возможностей (закаляли организм холодом, голодом и т.д.), совершали магические ритуалы. Их практика сочетала постулаты буддизма и синтоизма. Однако ямабуси считаются скорее сектой, поскольку, в отличие от представителей официального монашества, не поддерживали власть, находились в стороне от политической жизни. При этом отшельники пользовались безграничной поддержкой крестьянства, так как занимались врачеванием, изгнанием злых духов, предсказанием погоды, могли влиять на природные явления и т.д. Вообще, в культуре страны восходящего солнца горы занимают особое положение как место силы, обитания ками (духов, богов) и душ умерших. Прийти в такое священное место мог только человек очистившийся, достигший особых высот духа. Местное население пользовалось услугами ямабуси в качестве посредников между миром живых и духами, передавало через них свои просьбы богам.
Однако духовные практики не были единственной сферой деятельности отшельников. Монахам приходилось овладевать боевыми искусствами, чтобы защищаться от лесных разбойников. Оружие использовали самое разнообразное, отдавая предпочтение луку, большому мечу и нагината (с лезвием меча и длинным древком копья). Владели они и искусством тонко («прятаться за щитом») – способность становиться невидимым посредством магических заклинаний. Со временем воинское мастерство ямабуси достигло такого совершенства, что их стали призывать в качестве военных советников в армии правителей. Постепенно слово ямабуси стало чуть ли не синонимом понятия монаха-воина. В смутное время феодальных междоусобиц из них даже формировали целые отряды.
Существует версия, что именно в среде горных отшельников было создано искусство ниндзюцу. Также считается, что ямабуси были тесно связаны с кланами ниндзя, которым монахи передавали свое тайное мастерство.